“대기업 R&D 세액공제율 축소, 혁신성장 저해”

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- 김학수 조세재정연구원 보고서

“2014년까지 6%였던 한도
올해부터 총액 2%로 줄어”

“정부, 추가 세수 확보하지만
기업은 연구개발활동 위축”

“中企에 대한 과한 우대정책
오히려 中企성장 제한 우려”

대기업의 일반 연구개발비 세액공제율을 크게 낮춘 정부의 정책 기조에 타당성을 부여하기 힘들다는 지적이 나왔다. 중소기업에 대한 우대가 지나쳐 오히려 중소기업의 성장을 제한할 가능성이 있는 것으로 분석됐다.

15일 김학수 한국조세재정연구원 선임연구위원이 ‘월간 재정포럼’(2018년 12월)에 기고한 ‘혁신성장을 위한 연구개발 조세지원정책의 문제점 및 개선 방안’ 보고서에 따르면, 우리나라의 연구개발 조세지원 정책에 심각한 문제가 있는 것으로 나타났다.

보고서에 따르면, 세입 결손(缺損)으로 정부가 곤란한 상황을 겪고 있던 2013년과 2014년 인위적인 세수 확보 방안의 하나로 대기업의 혁신성장 기초 자산을 확보하는데 기여하는 연구개발 지원 제도를 축소한 것이 연구개발 활동을 위축시키는 등 부정적 영향을 초래한 것으로 드러났다.

정부는 신고연도 기준으로 2014년 이전까지 6%였던 대기업 일반 연구개발비의 세액공제율 한도를 2014년과 2015년 두 번에 걸쳐 3%로 축소했다. 2017년 세법 개정안에서도 대기업 일반 연구개발비의 세액공제율을 낮춰 올해부터는 총액 방식의 경우 최대 2%, 증가분 방식의 경우 30%의 세액공제밖에 허용되지 않는다고 보고서는 밝혔다.

김 위원은 “기업의 시장 성과 제고 효과가 가장 명확한 유형의 연구개발 행위가 중소기업을 제외한 일반기업, 중견기업, 상호출자제한기업(대기업)이라는 분석 결과를 고려할 때, 최근 정부의 일반 연구개발비 세액공제율 축소라는 정책 기조에 타당성을 부여하기 어렵다”고 말했다. 그는 “1조 원 미만의 추가 세수 확보의 대가로 향후 혁신 성장의 밑거름을 훼손하고, 성장잠재력 확충이라는 정책 목표와 상반된 부정적 효과를 감수해야 할 것으로 판단된다”고 밝혔다.

우리나라의 중소기업 우대가 지나치다는 지적도 나왔다. 우리나라의 대기업 공제율 대비 중소기업 우대 정도는 12.5배에 달해 전 세계에서 가장 큰 것으로 분석됐다. 이 같은 중소기업에 대한 과도한 우대와 제조업 중심으로 특정 업종 중소기업의 범위가 지나치게 넓어지면서 서비스업 성장과 일자리 창출에 부정적인 효과를 불러온다는 것이다.

김 위원은 “정부가 혁신 성장을 한다며 도입한 신성장동력 및 원천기술 개발비에 대한 우대 조치도 양적 효과가 미진할 뿐만 아니라 시장의 성과로 연계되는 효과도 매우 미흡한 것으로 나타났다”고 지적했다. 그는 “대기업 일반 연구개발비에 대한 세액공제율을 다시 확대할 필요가 있다”고 강조했다.

조해동 기자 haedong@munhwa.com