건협은 △국민의 건강생활실천을 위한 보건교육 △질병의 조기진단 및 질병위험인자를 찾아내는 건강검진 △질병위험군에 대한 질병예방사업 △건강지표 마련을 위한 연구사업 △보건의료정책상 필요로 하는 정부의 위탁사업 △제5군 감염병 예방사업을 지원하는 법정단체로서의 기생충질환 관리 사업 등을 한다. 아울러 어려운 이웃과 함께하는 사회공헌활동과 국내를 넘어 개발도상국의 건강증진을 돕는 국제보건의료공익사업 등에서도 역량을 발휘하고 있다.
또 지난해 12월에는 국내 최초이자 유일한 기생충박물관(제1종 박물관)을 개관했다. 건협의 전신인 한국기생충박멸협회 시절부터 기생충 퇴치를 위해 사용했던 검사용 기자재, 치료 약품 및 영상물, 슬라이드 등 홍보자료와 기생충 표본 등을 전시해 기생충 관리의 중요성을 널리 알리고 보건교육의 장으로 활용하고 있다.
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