1954년 대전 최초의 사립대로 문을 연 목원대는 시대의 흐름에 맞춘 발 빠른 교육혁신을 통해 미래형 융합인재를 양성하고 있다. 목원대는 2023학년도에 총 1825명(정원내)의 신입생을 모집한다. 수시모집에서는 학생부교과, 학생부종합, 실기·실적위주 등의 전형으로 1790명(98.08%)의 학생을 선발한다.
목원대는 학생들의 교육수요와 미래산업 인력 수요가 높은 문화콘텐츠 분야 학과를 강화하기 위해 2023학년도에 웹툰애니메이션게임대학을 신설했다. 1999년 대전지역 최초로 개설한 웹툰(만화)전공과 애니메이션전공을 단과대학으로 확대·개편한 것이다. 웹툰애니메이션게임대학은 웹툰학과와 애니매이션학과, 게임콘텐츠학과로 나뉜다. 이들 학과는 디지털영상콘텐츠 특성화 최우수대학, 지방대학역량강화사업(NURI사업), 콘텐츠원캠퍼스, 웹툰체험관 등 주요 사업에 잇따라 선정되며 실력을 인정받고 있다.
목원대는 또 2023학년도부터 공과대학에 게임소프트웨어공학과를 신설해 세계적으로 급성장 중인 게임 산업계에서 필요로 하는 게임프로그래밍 분야 인재를 양성한다.